Το τμήμα Χειροσφαίρισης (Handball) του Πήγασου Κυψέλης ιδρύθηκε το 1979 και αγωνίζεται από τότε στα πρωταθλήματα Ανδρών της Ο.Χ.Ε. και της Ε.Σ.Χ.Α., ενώ έχει πραγματοποιήσει και αξιόλογες εμφανίσεις στα ηλικιακά πρωταθλήματα (Μίνι, Παίδων, Εφήβων). Αγωνίσθηκε στο πρωτάθλημα της Α΄ Εθνικής Κατηγορίας Χειροσφαίρισης στο πρώτο πρωτάθλημα που συμμετείχε, με αντιπάλους τότε τον Αθηναϊκό, τον Τελαμώνα, τον Παναθηναϊκό κ.α. και τώρα αγωνίζεται στη Β΄ Εθνική Κατηγορία. Έδρα στο ανδρικό έχει το κλειστό ΜΕΤΣ και στα ηλικιακά το ανοιχτό Λαμπρινής. «Ψυχή» του τμήματος ήταν για πολλά χρόνια ο κ. Παύλος Μπουλταδάκης, Έφορος Χειροσφαίρισης της Ομάδας. Από τ’ αστέρια της ομάδας έχουν ξεχωρίσει στο παρελθόν ο Νίκος Ψαρρός, πολλές φορές πρώτος σκόρερ των πρωταθλημάτων Handball, που μαζί με το Σταύρο Γραμματικόπουλο, το Γιάννη Δικηγόρο το Σταύρο Πανταζή, το Δ. Καλτσούδα και το Φώτη Φωτόπουλο, προέρχονται από τα ηλικιακά του Πήγασου και οι Τόλης Βεντούρης, Νίκος Χόρτης, Γιάννης Ρούσσος, Χρήστος Σκλαβούνος, Σπύρος Αλούπης, Παναγιώτης Καυκούλας, Γιώργος Κάβδας, Γιώργος Χατζήπαπας, μεγάλα αστέρια της ομάδας. Η μεγαλύτερη μέχρι σήμερα διάκριση της ομάδας είναι η ανεπανάληπτη επιτυχία της στην αγωνιστική περίοδο 2008-2009 να κερδίσει και μάλιστα με άνεση όλους τους αγώνες που έδωσε για το Πρωτάθλημα και για το Μπαράζ, συνολικά 21 αγώνες και εντός και εκτός έδρας και να επανέλθει έτσι πανηγυρικά στη Β΄ Εθνική Ανδρών. Καμία άλλη ομάδα μέχρι σήμερα δεν έχει επιτύχει στη Χειροσφαίριση τέτοιο ρεκόρ. Σήμερα έχει και πάλι προπονητή τον ικανότατο και έμπειρο κ. Στέφανο Καραλή που δημιουργεί νέο ισχυρό σύνολο στηριζόμενος σε παλαιούς αθλητές του, όπως τον αρχηγό Γιώργο Κραουνάκη, τους Πάρι Μάνδρο, Δημήτρη Καλτσούδα, Άρη Αναγνώστου, Κώστα Λαρδή, Νίκο Παπανικολάου, Παναγιώτη Τριανταφύλλου, τους νεοαποκτηθέντες Κώστα Γυθούα, Κώστα Καραλή, Γιάννη Στυλιανό, Μάριο Νικολάου, Σπύρο Τρίμπο, Γιώργο Βρόντο κ.α.
(ενημέρωση: Ιανουάριος 2014)